GALEAS™ Tumor
癌症519基因分析
GALEAS™ Tumor的特點
強化臨床重要區域
依據英國NHS、NCCN、FDA 和 ESMO 指引精心策劃，涵蓋519個基因，篩選出具有臨床意義的基因標記，並提供腫瘤突變負荷 (TMB) 和微衛星不穩定性 (MSI) 資訊。此外，還包括64個藥物基因組學相關SNP、與遺傳及兒童腫瘤相關的數據、固體腫瘤的HLA分析、結構變異和擴展CNV覆蓋。
關鍵腫瘤免疫治療的生物標記
GALEAS™ Tumor專為分析TMB和MSI而設計，提供整合的腫瘤基因組不穩定性結果，幫助預測對免疫療法的反應。
GALEAS™線上分析軟體支援
與試劑搭配開發的專用優化線上生物資訊軟體、可快速準確地分析SNV、INDEL、SV、CNV、TMB和MSI。
Panel的設計
涵蓋 519 個基因的 SNV、INDEL、CNV 及結構變異的NGS 解決方案。Panel可支援包括腫瘤突變負荷 (TMB) 和微衛星不穩定性 (MSI) 在內的免疫腫瘤學生物標記分析。並著重於外顯子區域，提供支援 CNV 檢測的背骨結構，並覆蓋重要的內含子與啟動子區域。
該設計經 Nonacus 精選，包含以下內容：
- 519 個基因的 SNV、CNV、INDEL 等變異
- 支援 CNV 檢測的 CNV backbone設計，解析度達 > 1 Mb
- 對神經膠瘤（Giloma） 相關的 1p/19q co-deletion提供強化覆蓋
- 包含MSI 與 TMB ，解析重要免疫治療腫瘤生物標記
- 檢測 10 種融合及染色體結構異常，包括 ALK、BRAF、EGFR 等
- 64 個與癌症藥物基因組學相關的 SNP
- 與固體腫瘤相關的 HLA 檢測設計
- 用於樣本識別追蹤的SNP
SNV 和 INDEL 檢測
驗證結果顯示，可精確檢測 SNV 和 INDEL，並能與 ddPCR 方法在變異等位基因頻率（VAF）之間呈現高度相關性，顯示其在真實樣本分析中的可靠性。平均 500 X覆蓋率下獲得了 R² = 0.99 的結果（圖 1）
原發腫瘤中的變異檢測
GALEAS™ Tumor 對比其他檢測在 50 個 CRC 樣本中顯示了 100% 的再現率和精確度。
高精度檢測拷貝數變異（CNV）
為了準確檢測拷貝數變異（CNV），我們設計了支援 >1 Mb 解析度的 CNV backbone結構。將此結構與sWGS數據進行比較，結果顯示高相關性（圖 3）。
微衛星不穩定性（MSI）評分
比較了 GALEAS™ MSI 評分與已知 MSI 狀態，涵蓋對照參考樣本、非癌正常樣本及 CRC FFPE 樣本。GALEAS 分析軟體確認所有 MSS（微衛星穩定）CRC 和正常 FFPE 樣本均為 MSS 或正常。
此外，24 個 MSI 高（MSI-H）CRC FFPE 樣本中有 23 個被確認為 MSI-H（圖 5）。
用 GALEAS™ Tumor 評估具有不同拷貝數的樣本，包括已知在 EGFR 和 MET 基因上存在 3、6 和 12 拷貝的樣本（圖 4）
腫瘤突變負荷（TMB）
TMB 是一個重要的免疫腫瘤學生物標誌物，在結腸直腸癌中與 MSI 狀態具有高度相關性。CRC 研究群中，GALEAS™ Tumor 所產生的 TMB 分數（中位數 TMB 28.24，log2 TMB 1.45）與 MSI 狀態顯示出強相關性（圖 6）。
目標區高覆蓋率和卓越的覆蓋均一性，促進更高效的定序
此技術提供高目標區率、均一的覆蓋率，以及對臨床重要基因的強化覆蓋，使變異檢測更具高再現性和精確度。
GALEAS™ 分析軟體
GALEAS™ 分析軟體專為最大化面板效能而設計，提供穩健且可靠的生物資訊解決方案。雖然一般小型面板難以在低變異水平下準確得出 TMB 值，GALEAS™ Tumor 通過結合全面的基因組內容與經驗證的生物資訊技術，提供精確的 TMB 和 MSI 狀態指標。
結論
GALEAS™ Tumor 是經臨床驗證的 NGS 解決方案，可通過單一工作流程解析 519 個基因的 SNV、CNV、INDEL，以及結構變異、 TMB 和 MSI。加強探針設計、全面基因覆蓋和高均一性，使其能夠高靈敏度地檢測各類變異，並與 GALEAS™ 分析軟體配合，提供簡單易用的分析流程。
參考文獻
- Ciriello G, Miller ML, Aksoy BA, Senbabaoglu Y, Schultz N, Sander C. Emerging landscape of oncogenic signatures across human cancers. Nature genetics. 2013;10):1127-33.
- The ICGC/TCGA PanCancer Analysis of Whole Genomes Consortium. Pan-cancer analysis of whole genomes. Na- ture. 2020: 82-93.
- Endris V, Buchhalter I, Allgäuer M, Rempel E, Lier A, Vol- ckmar AL, et al. Measurement of tumor mutational bur- den (TMB) in routine molecular diagnostics: in silico and real-life analysis of three larger gene panels. International journal of cancer. 2019;144(9):2303-12.
- Schrock AB, Ouyang C, Sandhu J, Sokol E, Jin D, Ross JS, et al. Tumor mutational burden is predictive of response to immune checkpoint inhibitors in MSI-high metastatic colorectal cancer. Annals of Oncology. 2019;30(7):1096-103.
產品資訊
| Parameters | Specification |
|---|---|
| Enrichment method | Hybridization and capture |
| Number of genes | 519 |
| Capture Panel Size | 3.74Mb |
| Sequencing platform | Illumina |
| Targets | Genes associated with common cancers |
| Variant types | SNVs, CNVs and indels |
| Input DNA requirements | 10ng-200ng |
| Sample type | gDNA from FFPE, frozen tissue or blood |
| Multiplexing guidance for sequencing | 25M reads per sample required to achieve 500x. This equates to 5Gb per sample |
訂購資訊
| Product Name | Catalogue No. |
|---|---|
| GALEAS Tumor Kit Frag A (96 samples) | NGS_GAL_TCP_FR_96_A |
| GALEAS Tumor Kit Frag B (96 samples) | NGS_GAL_TCP_FR_96_B |
| GALEAS Tumor Kit Frag C (96 samples) | NGS_GAL_TCP_FR_96_C |
| GALEAS Tumor Kit Frag D (96 samples) | NGS_GAL_TCP_FR_96_D |
| GALEAS Tumor Kit Frag (16 samples) | NGS_GAL_TCP_FR_16 |
- A: Adapter標號 1～96
- B: Adapter標號 97～192
- C: Adapter標號 193～288
- D: Adapter標號 289～384
