GALEAS™ Hereditary Plus
遺傳性癌症NGS檢測試劑
GALEAS™ Hereditary Plus的特點
強化臨床重要區域
涵蓋與遺傳性腫瘤相關的 146 個基因，精心策劃並重點覆蓋乳癌、前列腺癌、林奇症候群（Lynch syndrome）、威爾姆氏腫瘤（Wilms’ Tumor）等遺傳性癌症重要區域。
卓越的精確度與重現性
經過強化設計的探針提供全面覆蓋，高度均一的覆蓋範圍確保準確且高靈敏度地檢測 SNV、INDEL 和 CNV 變異。
GALEAS™線上分析軟體支援
與試劑搭配的專用優化生物資訊分析流程，能處理多種類型的遺傳性癌症變異，提供精確結果。
Panel的設計
專為與遺傳性腫瘤相關的 146 個基因設計，不僅針對乳癌、前列腺癌等常見遺傳性腫瘤，還涵蓋嗜鉻細胞瘤和威爾姆氏腫瘤等罕見小兒遺傳性腫瘤（見表 1）。這些基因設計亦考量 BRCA1/2 的 5′ UTR、APC 啟動子等非編碼區域，涵蓋臨床重要區域。
結合專用的 GALEAS 分析軟體，可高靈敏、高特異性地檢測 SNV、INDEL、CNV 變異。
表 1：GALEAS™ Hereditary Plus 涵蓋主要指南推薦的遺傳性腫瘤基因
| Cancer type | Recommended genes for screening included in GALEAS™ Hereditary Plus |
|---|---|
| Breast | ATM, BARD1, BRCA1, BRCA2, CDH1, CHEK2, NBN, NF1, PALB2, PTEN, STK11, TP53 |
| Colon | TAPC, AXIN2, BMPR1A, CHEK2, EPCAM, GREM1, MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, MSH3, MUTYH, NTLH1, POLD1, POLE, PTEN, RNF43, SMAD4, STK11, TP53 |
| Renal | BAP1, FH, FLCN, MET, SDHB, VHL |
| Ovarian | ATM, BARD1, BRCA1, BRCA2, CDH1, CHEK2, NBN, NF1, PALB2, PTEN, SKT11, TP53, RAD51C, RAD51D |
| Prostate | ATM, BRCA1, BRCA2, CHEK2, MLH1, MSH2, MSH6, PALB2 |
| Gastric/GIST | CDH1, KIT, PDGFRA, SDHC, SDHD, SDHA |
| Brain | APC, ATM, MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, TP53 |
| Sarcoma | EXT1, EXT2, MTAP, NF1, RECQL4, SQSTM1, TP53 |
| Paediatric* | CDKN1C, CTR9, REST, TRIM28, WT1 |
Panel驗證
透過卓越的精確度與再現性，準確檢測 SNV 和 INDEL。使用市售標準品 NA24385，針對 437 個 SNP 進行驗證（見表 2）。
表 2：GALEAS™ Hereditary Plus 的 SNV 及 INDEL 再現性
（標準對照 NA24385 的四重複結果）
| Recall | |
|---|---|
| SNV | 99.78% |
| Indel | 100% |
確保拷貝數變異（CNV）檢測的高可靠性
為評估 CNV 基因分型的靈敏度，使用 NIBSC 林奇症候群 MLPA 細胞株進行分析，所有 CNV 均以 100% 的再現性和精確度被檢測到（見表 3）
| CNV | Genotypic sex | CNV type | Detected |
|---|---|---|---|
| Copy normal | Male | Copy neutral | Yes |
| MSH2 deletion exons 1-6, heterozygous | Male | Multi-exon deletion | Yes |
| MSH2 deletion exon 7, heterozygous | 1 Male | Single exon deletion | Yes |
| MSH2 deletion exons 1-2, heterozygous | female | Multi-exon deletion | Yes |
| MSH2 deletion, exon 1, heterozygous | Male | Single exon deletion | Yes |
| MLH1 exon 13 amplification (3 or more copies) | Female | Multi-exon amplification | Yes |
Panel Performance
提供高目標區域覆蓋率、低重複率和一致的覆蓋率，達到 99% 的目標區域覆蓋 30 倍以上（見表 4）。
這項技術性能讓在幾乎相同的定序成本下，也能讓 CNV 在內的遺傳性腫瘤變異中實現高再現性與精確度，展現與競爭者相比的優勢。
表4：GALEAS™ Hereditary Plus 的定序表現
| Key Quality Indicator | GALEAS™ Hereditary Plus | Company I |
|---|---|---|
| Number of genes | 146 | 113 |
| Capture panel size (kb) | 809 kb | 403 kb |
| GB required for mean 100x coverage | 0.2 Gb | 0.12 Gb |
| Percentage coverage >30x | 99% | 96% |
| Percentage on or near bait | 81% | 61.51% |
| Percent duplication | 2.0% | 8.99% |
| SNV recall | 99.7% | 98.1% |
| INDELs recall | 100% | 97.2% |
臨床驗證
臨床驗證使用 64 名患者的血液樣本 gDNA 進行
SNV 的再現性與精確度
臨床樣本中的 SNV 再現率達 100%，並確認涵蓋多種變異類型，包括大於 10 bp 的 INDEL（見表 5）。
表 5：GALEAS™ Hereditary Plus 臨床樣本中的 SNV 再現性
| ID | Gene | HGVS coding | HGVS protein | Genomic position |
|---|---|---|---|---|
| 22 | BRCA1 | c.1175_1214del | p.Leu392fs*5 | chr17:43094317 |
| 23 | BRCA1 | c.1175_1214del | p.Leu392fs*5 | chr17:43094317 |
| 64 | MSH2 | c.942+3A>T | P.? | chr2:47414421 |
| 65 | PMS2 | c.736_741delins TGTGTGTGAAG | p.(Pro246Cysfs*3) | chr7:5997389 |
| 66 | MLH1 | c.1946dupC | p.(Leu650Phefs*14) | chr3:37048561 |
| 67 | MSH2 | c.1213_1217dup | p.(Leu407Thrfs*7) | chr2:47429877 |
| 68 | MSH6 | c.3562_3563del | 1 p.(Ser1188Tyrfs*5) | chr2:47805623 |
拷貝數變異（CNV）
結合專業設計的 CNV 探針和優化的生物資訊分析流程，具備以下功能：
•檢測 PMS2 中的 CNV（圖 1C）
•檢測從單一外顯子到整個基因的CNV
•在 APC 和 TSC2 等關鍵基因中檢測鑲嵌型 CNV（圖 1E 及 F）
A) BRCA1 單一外顯子重複，B) MSH2 單一外顯子缺失，C) 假基因 PMS2 多個外顯子缺失，D) APC 全基因缺失，E) TSC2 鑲嵌部分基因 CNV – 20%，F) APC 鑲嵌部分基因 CNV – 30%
GALEAS™分析軟體
與試劑搭配的專用優化線上生物資訊軟體，涵蓋生資分析流程，能處理多種類型的遺傳性癌症變異，準確解析單一外顯子至全基因範圍內的 SNV、INDEL 和CNV。
Panel of Normals
為最小化背景雜訊並改善 CNV 檢測，GALEAS™ 解析軟件使用內建的「Panel of Normals」。這套資料集提供基於臨床正常樣本大規模群體的基準值，顯著提高 CNV 檢測的精確度。
結論
GALEAS™ Hereditary Plus 是針對遺傳性癌症基因檢測而專門開發的產品。通過強化探針設計和全面且均一的覆蓋範圍，能高靈敏且準確地檢測 SNV、INDEL 和 CNV。搭配 GALEAS 分析軟體，提供簡便的一站式樣本至生資分析流程。
參考文獻
1. Ngeow J, Eng C. Precision medicine in heritable cancer: when somatic tumour testing and germline mutations meet. NPJ Genomic Medicine. 2016;(1):1-3.
產品資訊
| Enrichment method | Hybridisation and capture |
|---|---|
| Number of genes | 146 |
| Capture Panel Size | 809 Kb |
| Sequencing platform | Illumina |
| Targets | Genes associated with hereditary cancer |
| Variant types | SNVs, INDELs and CNVs |
| Sample type | gDNA from blood or saliva |
| Input DNA requirements | 10 ng – 200 ng |
| Multiplexing guidance for sequencing | 500K reads per sample required to achieve 100×. This equates to 0.15 Gb per sample |
訂購資訊
| Product | Catalog No. |
|---|---|
| GALEAS™ HereditaryPlus – 16 samples (with enzymatic fragmentation for gDNA or FFPE) | NGS_GAL_HCP_FR_16 |
| GALEAS™ HereditaryPlus – 96 samples (with enzymatic fragmentation for gDNA or FFPE) | NGS_GAL_HCP_FR_96_A/B/C/D* |
- A: Adapter標號 1～96
- B: Adapter標號 97～192
- C: Adapter標號 193～288
- D: Adapter標號 289～384
* 為了提供大量樣本檢測的靈活性，我們在檢體試劑盒中附有四款Adapter
