Bead Xtract cfDNA kit
cfDNA抽出キット（マニュアル、オートメーション用）
Bead Xtractは、磁器ビーズを用いて最大10mLの血漿または血清からcfDNAを迅速かつ効率的に抽出するために設計されています。サンプルはマニュアルで処理することも、さまざまなオートメーションプラットフォームを使用して処理することも可能です。ろう斗や真空ろ過が不要のため、マニュアル作業の時間を最小限に抑えることができます。
簡便で拡張性のある抽出方法
簡便に使用でき、さまざまなアプリケーションやワークフローに柔軟に対応します。0.5～10mLの血清や血漿の投入量を調整しても、サンプルからcfDNAを最大限に回収することが可能です（表1）。
表1
| Kit size | No. of extractions with 1 ml input | No. of extractions with 2 ml input | No. of extractions with 4 ml input |
|---|---|---|---|
| Small | 20 | 10 | 5 |
| Medium | 200 | 100 | 50 |
| Large | 800 | 400 | 200 |
最小限のgDNA汚染
Bead Xtractの溶解および結合バッファーは、小さなDNA断片の回収を最大化し、gDNAの汚染を最小限に抑えるよう最適化されています。抽出された高品質なcfDNAは、定量PCR（qPCR）、ドロップレットデジタルPCR（ddPCR）、次世代シーケンシング（NGS）などのアプリケーションに適しています（図1）。
Bead Xtract cfDNAキットを使用したcfDNA抽出（オートメーション）では、cfDNAのフラグメント分布に典型的なヌクレオソームパターンが確認され、gDNAの汚染は低いレベルに抑えられていました。（4mLのサンプルをHamilton ML STARで複製処理し、50 µLのバッファーで溶出しました。精製されたDNAをAgilent 4200 Tapestationで分析しました。）
高性能
Bead Xtract に使用されている磁気粒子の高い結合力により、他の主要メーカーのcfDNA抽出キットと比較して、血漿サンプルから高いDNA収率が得られます（図2）。さらに、DNAを分離するために必要な粒子の量を減らすことができ、10mLの血漿を使用しても最終的な溶出量を30～60μLに抑えることが可能です。これにより、DNAの真空ろ過が不要となり、プロトコルが簡素化され、最終的なcfDNAサンプルの濃度がNGSなどのアプリケーションに十分適したものとなります。
1mLの血漿から抽出したDNAの平均収率（ng）は、ビーズベースおよびスピンカラムベースの抽出キットを使用して得られた結果です。（cfDNAは、各社のプロトコルに従って抽出し、50μLの溶出バッファーに溶出しました。DNA濃度は、Qubit 3.0（Invitrogen）を用いて測定しました。
オートメーション化プロトコル
Bead Xtractは、マニュアルでもオートメーションでも実行できる柔軟性を持ち、さまざまなサンプル処理量に対応できます。溶解から抽出までの自動化プロセスはHamilton ML STAR等で検証されており、さまざまなオープンエンドの液体ハンドラーに対応したスクリプトが用意されています。完全にオートメーション化されたcfDNA抽出では、セットアップにわずか30分、4mLのサンプルを96ヘッドのHamilton ML STARで48検体処理するのに3時間以内で完了します。
注文情報
| Product | Catalog No. |
|---|---|
| Bead Xtract cfDNA, 20 (1 ml) extractions | PRE_EXT_BXC_20 |
| Bead Xtract, cfDNA 200 (1 ml) extractions | PRE_EXT_BXC_200 |
| Bead Xtract, cfDNA 800 (1 ml) extractions | PRE_EXT_BXC_800 |
