Cell3™ Target: Nexome
加強臨床疾病相關突變位點
單一NGS平台提供SNV、INDEL、CNV變異資訊
Nexome vs. 傳統檢測方式
Nexome能有效簡化診斷流程，避免重複進行多項檢測，例如染色體微陣列（CMA）、多重連鎖探針擴增分析（MLPA）及螢光原位雜合（FISH）。
降低檢測成本
相比於傳統多步驟檢測，Nexome提供一個更具成本效益的解決方案。
縮短檢測週期
整合檢測流程，大幅提升結果產出速度，幫助臨床醫師更快速地作出決策。
更少量的樣本需求
只要單一NGS平台Nexome，所需樣本量較少，特別適合樣本有限的情況使用。
全方位覆蓋關鍵臨床區域，提供更高診斷效能
Cell3™ Target：Nexome在設計上注重覆蓋範圍，並對更廣泛的外顯子組提供高品質的數據覆蓋：
- 包括人類基因組中與臨床相關的編碼區和部分非編碼區
- 整合多個臨床數據庫（如：CCDS、ClinVar、GENCODE、RefSeq、ACMG73），並增強探針以便偵測基因和在外顯子區域的結構變異（如圖一）
依臨床需求強化基因區域
- 涵蓋市售試劑盒（例如：MLPA）在外顯子的變異區域。
- 包含新生兒異常相關基因，適用於產前診斷。
- 增強與早期嬰兒癲癇性腦病（EIEE）相關的診斷能力，包括特定的轉錄產物及額外的外顯子區域。
- 涵蓋OMIM資料庫中與疾病相關的4090個基因，並包含RefSeq轉錄產物、啟動子區域、5′ UTR和3′ UTR區域。
- 涵蓋非編碼區域中的疾病相關突變。
- 支持藥物反應預測的藥物基因學（PGx）標記。
準確檢測SNV和INDEL變異
相較於其他WES產品，Cell3 Target: Nexome能檢測HG001人類基因組標準參考中的更多真實突變，並在SNV與INDEL的檢測上同時保持卓越的精確度及穩定的recall rate。（如圖2a, 2b, 3a, 3b）
SNV
Nexome與其他WES產品相比在檢測SNV上的精準度與召回率
Nexome及其他WES產品相比檢測到的真實SNV變異總數
INDELS
Nexome與其他WES產品在相比檢測INDEL上的精準度與召回率
Nexome及其他WES產品相比檢測到的真實INDEL變異總數
在提供更多資訊的同時，控制定序成本並避免額外檢測需求
- Cell3™ Target: Nexome涵蓋超過51Mb的人類基因組範圍。
- 相較於其他外顯子組產品，可檢測更多30%的突變，並廣泛支援CNV檢測。
- 憑藉優化的探針設計和性能，相較其他外顯子組產品，即使使用相同或更少的定序量（6.63 Gb），也能達到平均100×的覆蓋深度（見表1）
表1
| Panel Size (Mb) | Percentage target covered at 1x | Gb Required for mean 100x coverage | Percent Bases on or near bait | |
|---|---|---|---|---|
| Nexome | 51.90 | 98.78% | 6.63 | 94.18% |
| Exome CG | 51.60 | 98.78% | 6.57 | 94.07% |
| Company T | 36.70 | 97.42% | 6.85 | 85.89% |
| Company I | 45.20 | 98.15% | 7.16 | 86.18% |
| Company I.D | 34.10 | 98.49% | 6.04 | 93.09% |
CNV突變檢測
Cell3™ Target：Nexome在CNV檢測功能有優越的表現，涵蓋範圍從單一外顯子至多重連續基因（100bp至40Mb）的拷貝數變異。經過MLPA或CMA方法檢測過的已知CNV樣本驗證，成功回召了從50bp至42Mb的CNV突變，提供精確且穩定的CMA與MLPA替代方案。
- 拷貝數變異（CNV）：疾病相關變異的約有10%與CNV變異相關，並在約10-20%的神經發展障礙患者中發現。
- 優異的檢測性能：設計上針對已確認具有基因及外顯子重組的區域，具備出色的CNV檢測性能。
- 廣泛的檢測範圍：可檢測範圍涵蓋從少數外顯子至多個連續基因的變異，範圍約為100 bp到40 Mb。
- 已知CNV事件確認：使用經MLPA或CMA測試過的已知CNV事件樣本進行評估，能夠自50 bp（單一外顯子）至42 Mb之間檢測到CNV變異。（表1a和1b）
表1a: 經MLPA確認的CNV變異
| Affected Gene | CNV region | CNV size (bp) | CNV exons | CNV type | Bayes factor |
|---|---|---|---|---|---|
| FBN1 | exons 29-65 | 74632 | 37 | deletion | 320.0 |
| BRCA1 | exons 1-23 | 77841 | 24 | deletion | 190.0 |
| FBN1 | exons 1-17 | 142063 | 18 | deletion | 300.0 |
| BRCA1 | exons 1-17 | 57876 | 18 | deletion | 200.0 |
| BRCA1 | exons 8-13 | 17956 | 6 | deletion | 40.4 |
| BRCA1 | exons 8-13 | 17956 | 6 | deletion | 82.4 |
| BRCA2 | exons 5-7 | 513 | 3 | deletion | 22.1 |
| NSD1 | exons 7-9 | 6034 | 3 | deletion | 34.5 |
| FBN1 | exons 60-62 | 3934 | 3 | deletion | 32.8 |
| NSD1 | exons 1-3 | 58095 | 3 | deletion | 54.8 |
| BRCA2 | exons 1-2 | 1054 | 2 | deletion | 28.3 |
| BRCA1 | exons 7-8 | 311 | 2 | deletion | 4.7 |
| BRCA1 | exons 8-9 | 1444 | 2 | deletion | 7.5 |
| BRCA1 | exon 16 | 211 | 1 | deletion | 14.5 |
| BRCA1 | exon 20 | 84 | 1 | deletion | 9.4 |
表1b: 經CMA確認的跨基因CNV變異
| CNV region | CNV size (Mb) | CNV genes | CNV type | Bayes factor |
|---|---|---|---|---|
| 13q14.2q32.1 | 42.0 | 367 | deletion | 2410 |
| 4p16.3p15.2 | 22.9 | 339 | deletion | 4620 |
| 20q11.22q13.12 | 11.3 | 244 | deletion | 7000 |
| 7p14.1p11.2 | 15.9 | 182 | deletion | 5040 |
| 1p36.32 | 3.7 | 140 | deletion | 2710 |
| 22q11.21 | 2.0 | 83 | deletion | 2890 |
| 8q23.1q24.12 | 11.8 | 71 | deletion | 1330 |
| 22q11.21 | 2.2 | 64 | duplication | 1430 |
| 11p12p11.2 | 2.3 | 54 | deletion | 1240 |
| 7q11.23 | 1.4 | 38 | deletion | 2080 |
| 15q11.2 | 0.9 | 31 | deletion | 494 |
| 17p12 | 1.3 | 24 | deletion | 275 |
| 14q22.1 | 0.7 | 20 | deletion | 508 |
| 15q11.2 | 0.5 | 4 | duplication | 370 |
| 13q12.11 | 0.2 | 2 | deletion | 75 |
簡單且可自動化的流程
- Cell3™ Target: Nexome試劑盒內含進行建庫所需的所有試劑。
- 流程設計簡單易用，全程所需時間少於10小時，實際操作僅需2小時。
- 僅需1 ng的DNA樣本量即可操作。
- 流程設計多個暫停點，使實驗室內操作更加靈活。
- 建庫可手動或自動化處理，每次批次可處理多達96個樣本。
- 提供最多384個樣本index，支持大量檢測實驗室的彈性批次處理，並適用於所有Illumina定序設備。
參考文獻
1.McKusick V. Online Mendelian Inheritance in Man, OMIM™. McKusick-Nathans Institute for Genetic Medicine, Johns Hopkins University (Baltimore, MD) and National Center for Biotechnology Information, National Library of Medicine (Bethesda, MD), 2000. Accessed October 10, 2023. https://omim. org. 2009. Full article
2.Smedley D, Schubach M, Jacobsen JO, Köhler S, Zemojtel T, Spielmann M, et al. A whole-genome analysis framework for effective identification of pathogenic regulatory variants in Mendelian disease. The American Journal of Human Genetics. 2016; 99(3):595-606. Full article
3. Landrum MJ, Lee JM, Benson M, Brown GR, Chao C, Chitipiralla S, et al. ClinVar: improving access to variant interpretations and supporting evidence. Nucleic Acids Research. 2018;46(D1):D1062-7.. Full article
產品資訊
| Enrichment method | Hybridisation and capture |
| Capture panel Size | 51.9 Mb |
| Sequencing platform | Illumina |
| Targets | Clinically relevant genes |
| Variant types | SNVs, indels and CNVs |
| Sample type | gDNA from blood, saliva, amniotic fluid, tissue or FFPE, cfDNA |
| Input DNA requirements | 1-1000 ng |
| Expected percentage duplication | ~5-6% |
| Expected percentage on target (150 bp padding) | ~95% |
| Gb required for mean 100× coverage | 6.63 |
| Multiplex capability | 384 |
訂購資訊
Cell3™ Target試劑組，提供兩種建庫試劑版本。
- Fragmentation：適用於DNA樣本（Genomic、FF、FFPE)
- Non-fragmentation：適用於cfDNA樣本
| Product | Catalog No. |
|---|---|
| Cell3™ Target: Nexome, Frag 16 samples | NGS_C3T_NEX_FR_16 |
| Cell3™ Target: Nexome, Frag 96 samples | NGS_C3T_NEX_FR_96_A/B/C/D* |
| Cell3™ Target: Nexome, Non Frag 16 samples | NGS_C3T_NEX_NF_16 |
| Cell3™ Target: Nexome, Non Frag 96 samples | NGS_C3T_NEX_NF_96_A/B/C/D* |
- A: Adapter標號 1～96
- B: Adapter標號 97～192
- C: Adapter標號 193～288
- D: Adapter標號 289～384
* 為了提供樣本多重檢測的靈活性，我們在檢體試劑盒中附有四款Adapter
