GALEAS™ Tumor
がんゲノムプロファイリング
GALEAS™ Tumorの特長
臨床的に関連する領域の強化
英国NHSの全国ゲノム検査ディレクトリ、NCCN、FDA、ESMOのガイドラインに沿ってキュレーション。519遺伝子にわたる臨床的に重要なバイオマーカーをプロファイリングし、TMB（腫瘍突然変異負荷）およびMSI（マイクロサテライト不安定性）スコアを提供します。64の薬理ゲノミクスSNP、遺伝性および小児がんに関連する内容、固形腫瘍のHLAプロファイリング、構造変異、強化されたCNVカバレッジが含まれます。
主要な腫瘍免疫バイオマーカーの検出
GALEAS™ Tumorは、TMBとMSIの解析を念頭に置いて設計され、免疫療法に対するポジティブな反応を予測するために使用できる統合された腫瘍ゲノム不安定性の測定結果を提供します。
GALEAS™解析ソフトウェアによるサポート
パネルと並行して開発されたクラウドベースのGALEAS™解析ソフトウェアは、SNV、INDEL、SV、CNV、TMB、MSIを迅速かつ正確にコールするためのソリューションを提供します。
パネル設計
519遺伝子におけるSNV、INDEL、CNV、およびいくつかの融合遺伝子を含むドライバー変異をカバーする次世代シーケンシング（NGS）ソリューションです。TMB（腫瘍突然変異負荷）やMSI（マイクロサテライト不安定性）などの免疫腫瘍学バイオマーカーの解析もサポートしています。エクソンに焦点を当てつつ、コピー数変異（CNV）の呼び出しをサポートするためのCNVバックボーンを追加、重要なイントロンおよびプロモーター領域もカバーしています。
この設計は、Nonacusによってキュレーションされ、以下を含んでいます：
- 519遺伝子におけるSNV、CNV、INDELなどのドライバー変異
- CNVコールを強化するためのCNVバックボーン （解像度 > 1 Mb）
- 神経膠腫に関連する1p/19q共欠失の強化カバレッジMSI（マイクロサテライト不安定性）およびTMB（腫瘍突然変異負荷）のスコアリング
- 10種類の融合/染色体構造異常：ALK、BRAF、EGFR、FGFR2、FGFR3、NTRK1、NTRK2、RET、ROS1、TMPRSS2
- 64の腫瘍薬理ゲノミクス関連SNP
- 固形腫瘍に関連するHLAデザイン
- サンプル識別用の追跡SNP
SNVおよびINDELの高精度な検出
検証は、ddPCRで事前に確認された23のSNVおよびINDELを含むFFPEリファレンスサンプルを使用して評価されました。NGSとddPCRで決定されたVAF（対立遺伝子頻度）との間には強い相関関係が見られ、平均500xのデプスでR² = 0.99という結果が得られました。（図1）
原発性腫瘍におけるバリアントコール
GALEAS™ Tumorは、50のCRCサンプルにおける体細胞変異を他のデータ*と比較した際、100%の再現率/精度を示しました。（*BRAF、KRAS、NRASに関する直交データが利用可能）
コピー数変異（CNV）の高精度な検出
コピー数変異（CNV）を正確に検出するために、>1 Mbの解像度でCNVコールを強化するバックボーンを備えています。このCNVバックボーンデータとsWGS（Shallow Whole Genome Sequencing）を比較したところ、プロファイル間に強い相関が見られました。（図3）
データは、代表的な結腸直腸がんサンプルから得られたものであり、sWGSから得られたCNVプロファイルと、
GALEAS Tumorを使用して得られたSNPバックボーンの類似性を示しています。
マイクロサテライト不安定性（MSI）のスコアリング
コントロールリファレンスサンプル、がんのない正常サンプル、結腸直腸がん（CRC）FFPEサンプルのGALEAS™ MSIスコアを、既知のMSIステータスと比較しました。
GALEAS™解析ソフトウェアにより、MSS（マイクロサテライト安定性）CRCおよび正常FFPEサンプルの全てにおいて、それぞれMSSおよび正常であることが確認されました。
さらに、24例中23例のMSI-High CRC FFPEサンプルがMSI-Hとして確認されました。（図5）
CNVジェノタイピングの感度を評価するため、異なるコピー数を持つサンプルをGALEAS™ Tumorで評価しました。評価された3つのサンプルは、EGFRおよびMETに既知のコピー数変異を持ち、それぞれ3、6、12コピーを含んでいます。（図4）
(A) 12コピー、(B) 6コピー、(C) 3コピー
腫瘍突然変異負荷（TMB）
TMBは重要な免疫腫瘍学バイオマーカーであり、結腸直腸がんにおいてMSIステータスと強い相関があることが示されています3, 4。CRCコホートにおけるGALEAS™ Tumor由来のTMBスコア（中央値TMB 28.24、log2 TMB 1.45）と、対応するサンプルのMSIステータスとの間に強い相関が観察されました。（図6）
高いオンターゲット率と優れたカバレッジの均一性が、より効率的なシーケンシングを実現
高いオンターゲット率、より均一なカバレッジ、そして臨床的に重要な遺伝子の強化されたカバレッジを提供します。この優れた技術性能により、より多くのバリアントにわたって高い再現率と精度を実現します。
GALEAS™解析ソフトウェア
GALEAS™解析ソフトウェアは、パネルの性能を最大限に引き出します。パネルと並行して開発されたこのソフトウェアは、堅牢かつ信頼性の高いバイオインフォマティクスソリューションを提供します。
小さなパネルでは低い変異レベルで正確かつ再現性のあるTMB値を得ることが難しい場合がありますが、GALEAS™ Tumorは、包括的なゲノムコンテンツと検証済みのバイオインフォマティクスを組み合わせ、正確なTMBスコアリングとMSIステータスの指標を提供します。
まとめ
GALEAS™ Tumorは、519遺伝子にわたるSNV、CNV、INDEL、およびTMBとMSIの解析を単一のNGSワークフローで行うことができる臨床的に検証された包括的なNGSソリューションです。
強化されたプローブ設計、包括的な遺伝子カバレッジ、高いカバレッジの均一性により、SNV、INDEL、SV、CNVを正確かつ高感度に検出できます。これをGALEAS™解析ソフトウェアソリューションと組み合わせることで、シンプルで使いやすいサンプルから解析までのワークフローが提供されます。
References
- Ciriello G, Miller ML, Aksoy BA, Senbabaoglu Y, Schultz N, Sander C. Emerging landscape of oncogenic signatures across human cancers. Nature genetics. 2013;10):1127-33.
- The ICGC/TCGA PanCancer Analysis of Whole Genomes Consortium. Pan-cancer analysis of whole genomes. Na- ture. 2020: 82-93.
- Endris V, Buchhalter I, Allgäuer M, Rempel E, Lier A, Vol- ckmar AL, et al. Measurement of tumor mutational bur- den (TMB) in routine molecular diagnostics: in silico and real-life analysis of three larger gene panels. International journal of cancer. 2019;144(9):2303-12.
- Schrock AB, Ouyang C, Sandhu J, Sokol E, Jin D, Ross JS, et al. Tumor mutational burden is predictive of response to immune checkpoint inhibitors in MSI-high metastatic colorectal cancer. Annals of Oncology. 2019;30(7):1096-103.
製品仕様
| Parameters | Specification |
|---|---|
| Enrichment method | Hybridization and capture |
| Number of genes | 519 |
| Capture Panel Size | 3.74Mb |
| Sequencing platform | Illumina |
| Targets | Genes associated with common cancers |
| Variant types | SNVs, CNVs and indels |
| Input DNA requirements | 10ng-200ng |
| Sample type | gDNA from FFPE, frozen tissue or blood |
| Multiplexing guidance for sequencing | 25M reads per sample required to achieve 500x. This equates to 5Gb per sample |
注文情報
| Product Name | Catalogue No. |
|---|---|
| GALEAS Tumor Kit Frag A (96 samples) | NGS_GAL_TCP_FR_96_A |
| GALEAS Tumor Kit Frag B (96 samples) | NGS_GAL_TCP_FR_96_B |
| GALEAS Tumor Kit Frag C (96 samples) | NGS_GAL_TCP_FR_96_C |
| GALEAS Tumor Kit Frag D (96 samples) | NGS_GAL_TCP_FR_96_D |
| GALEAS Tumor Kit Frag (16 samples) | NGS_GAL_TCP_FR_16 |
- A:インデックス番号 1～96
- B:インデックス番号 97～192
- C:インデックス番号 193～288
- D: インデックス番号 289～384
