Nexome vs. 従来製品

Cell3™ Target: Nexomeは、染色体マイクロアレイ（CMA）、多重リガンド依存プローブ増幅法（MLPA）、蛍光in situハイブリダイゼーション（FISH）といった複数の解析を回避することで、診断プロセスを効率化します。

これにより、以下の利点が得られます：

臨床的に重要な遺伝子を網羅

Cell3™ Target: Nexomeは、多くのエクソーム製品よりも広い領域をカバーし、ヒトゲノムのタンパク質をコードする領域だけでなく、臨床的に重要な非コード領域も対象としています。また、既知の遺伝子およびエクソンレベルの再構成が確認されている領域におけるCNV検出を可能にするプローブの強化も行われています。CCDS、GENCODE、RefSeq、ACMG73データベースに対して優れた網羅範囲を提供し、臨床的に重要な遺伝子やCNV検出に対応するプローブを強化しています。（図1）

臨床的に強化された領域

• 市販のキット（例：MLPA）でターゲットとされているエクソンレベルの欠失や重複
• 出生前診断のための胎児異常に関連する遺伝子
• てんかんの診断を強化するため、早期乳児てんかん性脳症（EIEE）に関連する転写産物や追加エクソン
• OMIMに登録されている疾患に関連する4090の遺伝子に対応するRefSeq転写産物、プロモーター領域、5’UTRと3’UTR
• 非コード領域にある疾患の原因となるバリアント
• 薬物応答予測のための薬理ゲノミクス（PGx）マーカー

SNVおよびINDELの精度とリコール率

Cell3™ Target: Nexomeは、HG001ヒトゲノム標準リファレンスに存在する真のバリアントを他のエクソーム製品よりも多く検出します。また、SNVおよびINDELの両方において、優れた精度を維持しながら、同等のリコール率を確保しています。（図2a, 2b, 3a, 3b）

SNV

INDELS

• ヒトゲノムの51Mb超をターゲット
• 他のエクソーム製品と比べ、最大30%多くのバリアントを呼び出し、幅広くCNVを検出できるように設計
• 優れたプローブ設計と性能により、他のエクソーム製品と比較して、同等または少ないシーケンス量（6.63 Gb）で、平均カバレッジ100×を達成（表1）

精密なCNV検出

コピー数変異（CNV）は、疾患に関連するバリアントの約10%を占め、神経発達障害を持つ人の約10〜20%において特定されています。

• コピー数変異（CNV）は、疾患に関連するバリアントの約10%を占め、神経発達障害を持つ人の約10〜20%において特定されています。
• 遺伝子およびエクソンレベルの再構成が確認されている領域で、優れたCNVの検出性能を発揮するよう設計
• 数エクソンから複数の連続する遺伝子（約100 bpから40 Mbの範囲）にわたるCNVの検出が可能
• MLPAまたはCMAでテストされた既知のCNVイベントを持つサンプルを使用して評価し、50 bp（単一エクソン）から42 MbまでのCNV変異を検出することを確認（表1aおよび1b）

表1a: MLPAで確認されたCNVの検出

表1b: CMA で確認された複数遺伝子 CNV の検出

シンプルで自動化可能なプロトコルの利点

• Cell3™ Target: Nexomeのキットには、ライブラリ調整、ハイブリダイゼーションとキャプチャに必要な試薬がすべて含まれています。
• Cell3™ Target: Nexomeのワークフローはシンプルで簡単に設計されており、所要時間は 10 時間未満、実作業時間は 2 時間未満です。
• 必要な DNA はわずか 1 ng
• 複数の停止ポイントが設計されており、ラボ内での処理において柔軟性を持たせることができます。
• ライブラリ調製は手動で行うことも、自動化することも可能で、最大96検体を1回のバッチで処理できます。
• インデックスは最大384検体まで対応しており、ハイスループットなラボにおいて柔軟なバッチサイズを可能にし、すべてのIlluminaシーケンサーに対してスケーラビリティを提供します。

References

1.McKusick V. Online Mendelian Inheritance in Man, OMIM™. McKusick-Nathans Institute for Genetic Medicine, Johns Hopkins University (Baltimore, MD) and National Center for Biotechnology Information, National Library of Medicine (Bethesda, MD), 2000. Accessed October 10, 2023. https://omim. org. 2009. Full article

2.Smedley D, Schubach M, Jacobsen JO, Köhler S, Zemojtel T, Spielmann M, et al. A whole-genome analysis framework for effective identification of pathogenic regulatory variants in Mendelian disease. The American Journal of Human Genetics. 2016; 99(3):595-606. Full article

3. Landrum MJ, Lee JM, Benson M, Brown GR, Chao C, Chitipiralla S, et al. ClinVar: improving access to variant interpretations and supporting evidence. Nucleic Acids Research. 2018;46(D1):D1062-7.. Full article