GALEAS™ Tumor

GALEAS™ Tumor

癌症519基因分析

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GALEAS™ Tumor的特點

強化臨床重要區域

依據英國NHS、NCCN、FDA 和 ESMO 指引精心策劃,涵蓋519個基因,篩選出具有臨床意義的基因標記,並提供腫瘤突變負荷 (TMB)微衛星不穩定性 (MSI) 資訊。此外,還包括64個藥物基因組學相關SNP、與遺傳及兒童腫瘤相關的數據、固體腫瘤的HLA分析結構變異和加強CNV覆蓋

關鍵腫瘤免疫治療的生物標記

GALEAS™ Tumor專為分析TMBMSI而設計,提供整合的腫瘤基因不穩定性結果,幫助預測對免疫療法的反應。

GALEAS™線上分析軟體支援

與試劑搭配開發的專用優化線上生物資訊軟體、可快速準確地分析SNVINDELSVCNVTMBMSI

Panel的設計

涵蓋 519 個基因的 SNV、INDEL、CNV 及結構變異的NGS解決方案。Panel可支援包括腫瘤突變負荷 (TMB) 和微衛星不穩定性 (MSI) 在內的免疫腫瘤學生物標記分析。並加強外顯子區域,提供支援 CNV 檢測的背骨結構,並覆蓋重要的內含子啟動子區域。

該設計經 Nonacus 精選,包含以下內容:

  • 519 個基因的 SNV、CNV、INDEL 等變異
  • 支援 CNV 檢測的 CNV backbone設計,解析度達 > 1 Mb
  • 對神經膠瘤(Giloma) 相關的 1p/19q co-deletion提供強化覆蓋
  • 包含MSI 與 TMB ,解析重要免疫治療腫瘤生物標記
  • 檢測 10 種融合及染色體結構異常,包括 ALK、BRAF、EGFR 等
  • 64 個與癌症藥物基因組學相關的 SNP
  • 與固體腫瘤相關的 HLA 檢測設計
  • 用於樣本識別追蹤的SNP

SNV 和 INDEL 檢測

驗證結果顯示,可精確檢測 SNV 和 INDEL,並能與 ddPCR 方法在變異等位基因頻率(VAF)之間呈現高度相關性,顯示其在真實樣本分析中的可靠性。平均 500 X覆蓋率下獲得了 R² = 0.99 的結果(圖 1)

圖 1:在 FFPE 參考材料中的 SNV 和 INDEL 再現率

原發腫瘤中的變異檢測

GALEAS™ Tumor 對比其他檢測在 50 個 CRC 樣本中顯示了 100% 的再現率和精確度。

50 個 FFPE CRC 樣本的腫瘤突變heatmap

高精度檢測拷貝數變異(CNV)

為了準確檢測拷貝數變異(CNV),我們設計了支援 >1 Mb 解析度的 CNV backbone結構。將此結構與sWGS數據進行比較,結果顯示高相關性(圖 3)。

圖 3:GALEAS™ Tumor 的 SNP backbone數據與 sWGS 比較,展示了結腸直腸癌樣本中從 CNV 及 SNP backbone獲得的數據的相似性。

微衛星不穩定性(MSI)評分

比較了 GALEAS™ MSI 評分與已知 MSI 狀態,涵蓋對照參考樣本、非癌正常樣本及 CRC FFPE 樣本。GALEAS 分析軟體確認所有 MSS(微衛星穩定)CRC 和正常 FFPE 樣本均為 MSS 或正常。

此外,24 個 MSI 高(MSI-H)CRC FFPE 樣本中有 23 個被確認為 MSI-H(圖 5)。

圖 5:GALEAS Tumor MSI 評分與已知 MSI 狀態比較。

用 GALEAS™ Tumor 評估具有不同拷貝數的樣本,包括已知在 EGFR 和 MET 基因上存在 3、6 和 12 拷貝的樣本(圖 4)

圖 4:CNV 肺和腦混合標準參考的基因層級 CNV 呼叫驗證結果。 (A) 12 拷貝 (B) 6 拷貝 (C) 3 拷貝

腫瘤突變負荷(TMB)

TMB 是一個重要的免疫腫瘤學生物標誌物,在結腸直腸癌中與 MSI 狀態具有高度相關性。CRC 研究群中,GALEAS™ Tumor 所產生的 TMB 分數(中位數 TMB 28.24,log2 TMB 1.45)與 MSI 狀態顯示出強相關性(圖 6)。

圖 6:GALEAS™ Tumor TMB 分數和 MSI 狀態比較,涵蓋 TMB low 和 TMB high 標準參考及 50 個 CRC 樣本。

目標區高覆蓋率和卓越的覆蓋均一性,促進更高效的定序

此技術提供高目標區率均勻的覆蓋率,以及對臨床重要基因的強化覆蓋,使變異檢測更具高再現性和精確度。

GALEAS™ 分析軟體

GALEAS™ 分析軟體專為最大化面板效能而設計,提供穩健且可靠的生物資訊解決方案。雖然一般小型面板難以在低變異水平下準確得出 TMB 值,GALEAS™ Tumor 通過結合全面的基因組內容與經驗證的生物資訊技術,提供精確的 TMB 和 MSI 狀態指標。

結論

GALEAS™ Tumor 是經臨床驗證的 NGS 解決方案,可通過單一工作流程解析 519 個基因的 SNV、CNV、INDEL,以及結構變異、 TMB 和 MSI。加強探針設計、全面基因覆蓋和高均一性,使其能夠高靈敏度地檢測各類變異,並與 GALEAS™ 分析軟體配合,提供簡單易用的分析流程。

參考文獻

  1. Ciriello G, Miller ML, Aksoy BA, Senbabaoglu Y, Schultz N, Sander C. Emerging landscape of oncogenic signatures across human cancers. Nature genetics. 2013;10):1127-33.
  2. The ICGC/TCGA PanCancer Analysis of Whole Genomes Consortium. Pan-cancer analysis of whole genomes. Na- ture. 2020: 82-93.
  3. Endris V, Buchhalter I, Allgäuer M, Rempel E, Lier A, Vol- ckmar AL, et al. Measurement of tumor mutational bur- den (TMB) in routine molecular diagnostics: in silico and real-life analysis of three larger gene panels. International journal of cancer. 2019;144(9):2303-12.
  4. Schrock AB, Ouyang C, Sandhu J, Sokol E, Jin D, Ross JS, et al. Tumor mutational burden is predictive of response to immune checkpoint inhibitors in MSI-high metastatic colorectal cancer. Annals of Oncology. 2019;30(7):1096-103.
產品資訊
ParametersSpecification
Enrichment methodHybridization and capture
Number of genes519
Capture Panel Size3.74Mb
Sequencing platformIllumina
TargetsGenes associated with common cancers
Variant typesSNVs, CNVs and indels
Input DNA requirements10ng-200ng
Sample typegDNA from FFPE, frozen tissue or blood
Multiplexing guidance for sequencing25M reads per sample required to achieve 500x. This equates to 5Gb per sample
訂購資訊
Product NameCatalogue No.
GALEAS Tumor Kit Frag A
(96 samples)
NGS_GAL_TCP_FR_96_A
GALEAS Tumor Kit Frag B
(96 samples)
NGS_GAL_TCP_FR_96_B
GALEAS Tumor Kit Frag C
(96 samples)
NGS_GAL_TCP_FR_96_C
GALEAS Tumor Kit Frag D
(96 samples)
NGS_GAL_TCP_FR_96_D
GALEAS Tumor Kit Frag
(16 samples)
NGS_GAL_TCP_FR_16
  • A: Adapter標號 1~96
  • B: Adapter標號 97~192
  • C: Adapter標號 193~288
  • D: Adapter標號 289~384
技術文件
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