GALEAS™ Hereditary Plus

GALEAS™ Hereditary Plus

遺傳性癌症NGS檢測試劑

The table of contents

GALEAS™ Hereditary Plus的特點

強化臨床重要區域

涵蓋與遺傳性癌症相關的 146 個基因,精心策劃並重點覆蓋乳癌、前列腺癌、林奇症候群(Lynch syndrome)、威爾姆氏腫瘤(Wilms’ Tumor)等遺傳性癌症重要區域。

卓越的精確度與重現性

經過強化設計的探針提供全面覆蓋,高度均一的覆蓋範圍確保準確且高靈敏度地檢測 SNV、INDEL 和 CNV 變異。

GALEAS™線上分析軟體支援

與試劑搭配的專用優化生物資訊分析流程,能處理多種類型的遺傳性癌症變異,提供精確結果。

Panel的設計

專為與遺傳性腫瘤相關的 146 個基因設計,不僅針對乳癌、前列腺癌等常見遺傳性腫瘤,還涵蓋嗜鉻細胞瘤和威爾姆氏腫瘤等罕見小兒遺傳性腫瘤(見表 1)。這些基因設計亦考量 BRCA1/2 的 5′ UTR、APC 啟動子等非編碼區域,涵蓋臨床重要區域。

結合專用的 GALEAS 分析軟體,可高靈敏、高特異性地檢測 SNV、INDEL、CNV 變異。

表 1:GALEAS™ Hereditary Plus 涵蓋主要指南推薦的遺傳性腫瘤基因

Cancer typeRecommended genes for screening included in GALEAS™ Hereditary Plus
BreastATM, BARD1, BRCA1, BRCA2, CDH1, CHEK2, NBN, NF1, PALB2, PTEN, STK11, TP53
ColonTAPC, AXIN2, BMPR1A, CHEK2, EPCAM, GREM1, MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, MSH3, MUTYH, NTLH1, POLD1, POLE, PTEN, RNF43, SMAD4, STK11, TP53
RenalBAP1, FH, FLCN, MET, SDHB, VHL
OvarianATM, BARD1, BRCA1, BRCA2, CDH1, CHEK2, NBN, NF1, PALB2, PTEN, SKT11, TP53, RAD51C, RAD51D
ProstateATM, BRCA1, BRCA2, CHEK2, MLH1, MSH2, MSH6, PALB2
Gastric/GISTCDH1, KIT, PDGFRA, SDHC, SDHD, SDHA
BrainAPC, ATM, MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, TP53
SarcomaEXT1, EXT2, MTAP, NF1, RECQL4, SQSTM1, TP53
Paediatric*CDKN1C, CTR9, REST, TRIM28, WT1

Panel驗證

透過卓越的精確度與再現性,準確檢測 SNV 和 INDEL。使用市售標準品 NA24385,針對 437 個 SNP 進行驗證(見表 2)。

表 2:GALEAS™ Hereditary Plus 的 SNV 及 INDEL 再現性

(標準對照 NA24385 的四重複結果)

Recall
SNV99.78%
Indel100%

確保拷貝數變異(CNV)檢測的高可靠性

為評估 CNV 基因分型的靈敏度,使用 NIBSC 林奇症候群 MLPA 細胞株進行分析,所有 CNV 均以 100% 的再現性和精確度被檢測到(見表 3)

CNVGenotypic sexCNV typeDetected
Copy normalMaleCopy neutralYes
MSH2 deletion exons 1-6, heterozygousMaleMulti-exon deletionYes
MSH2 deletion exon 7, heterozygous1 MaleSingle exon deletionYes
MSH2 deletion exons 1-2, heterozygousfemaleMulti-exon deletionYes
MSH2 deletion, exon 1, heterozygousMaleSingle exon deletionYes
MLH1 exon 13 amplification (3 or more copies)FemaleMulti-exon amplificationYes

Panel Performance

提供高目標區域覆蓋率、低重複率和一致的覆蓋率,達到 99% 的目標區域覆蓋 30 倍以上(見表 4)。

這項技術性能讓在幾乎相同的定序成本下,也能讓 CNV 在內的遺傳性腫瘤變異中實現高再現性與精確度,展現與競爭者相比的優勢。

表4:GALEAS™ Hereditary Plus 的定序表現

Key Quality IndicatorGALEASHereditary PlusCompany I
Number of genes146113
Capture panel size (kb)809 kb403 kb
GB required for mean 100x coverage0.2 Gb0.12 Gb
Percentage coverage >30x99%96%
Percentage on or near bait81%61.51%
Percent duplication2.0%8.99%
SNV recall99.7%98.1%
INDELs recall100%97.2%

臨床驗證

臨床驗證使用 64 名患者的血液樣本 gDNA 進行

SNV 的再現性與精確度

臨床樣本中的 SNV 再現率達 100%,並確認涵蓋多種變異類型,包括大於 10 bp 的 INDEL(見表 5)。

表 5:GALEAS™ Hereditary Plus 臨床樣本中的 SNV 再現性

IDGeneHGVS codingHGVS proteinGenomic position
22BRCA1c.1175_1214delp.Leu392fs*5chr17:43094317
23BRCA1c.1175_1214delp.Leu392fs*5chr17:43094317
64MSH2c.942+3A>TP.?chr2:47414421
65PMS2c.736_741delins TGTGTGTGAAGp.(Pro246Cysfs*3)chr7:5997389
66MLH1c.1946dupCp.(Leu650Phefs*14)chr3:37048561
67MSH2c.1213_1217dupp.(Leu407Thrfs*7)chr2:47429877
68MSH6c.3562_3563del1 p.(Ser1188Tyrfs*5)chr2:47805623

拷貝數變異(CNV)

結合專業設計的 CNV 探針和優化的生物資訊分析流程,具備以下功能:

•檢測 PMS2 中的 CNV(圖 1C)

•檢測從單一外顯子到整個基因的CNV

•在 APC 和 TSC2 等關鍵基因中檢測鑲嵌型 CNV(圖 1E 及 F)

圖 1:GALEAS™ Hereditary Plus 檢測到的 CNV 分佈
A) BRCA1 單一外顯子重複,B) MSH2 單一外顯子缺失,C) 假基因 PMS2 多個外顯子缺失,D) APC 全基因缺失,E) TSC2 鑲嵌部分基因 CNV – 20%,F) APC 鑲嵌部分基因 CNV – 30%

GALEAS™分析軟體

與試劑搭配的專用優化線上生物資訊軟體,涵蓋生資分析流程,能處理多種類型的遺傳性癌症變異,準確解析單一外顯子至全基因範圍內的 SNV、INDEL 和CNV。

Panel of Normals

為最小化背景雜訊並改善 CNV 檢測,GALEAS™ 解析軟件使用內建的「Panel of Normals」。這套資料集提供基於臨床正常樣本大規模群體的基準值,顯著提高 CNV 檢測的精確度。

結論

GALEAS™ Hereditary Plus 是針對遺傳性癌症基因檢測而專門開發的產品。通過強化探針設計和全面且均一的覆蓋範圍,能高靈敏且準確地檢測 SNV、INDEL 和 CNV。搭配 GALEAS 分析軟體,提供簡便的一站式樣本至生資分析流程。

參考文獻

1. Ngeow J, Eng C. Precision medicine in heritable cancer: when somatic tumour testing and germline mutations meet. NPJ Genomic Medicine. 2016;(1):1-3.

產品資訊
Enrichment methodHybridisation and capture
Number of genes146
Capture Panel Size809 Kb
Sequencing platformIllumina
TargetsGenes associated with hereditary cancer
Variant typesSNVs, INDELs and CNVs
Sample typegDNA from blood or saliva
Input DNA requirements10 ng – 200 ng
Multiplexing guidance for sequencing500K reads per sample required to achieve 100×. This equates to 0.15 Gb per sample
訂購資訊
ProductCatalog No.
GALEAS™ HereditaryPlus – 16 samples
(with enzymatic fragmentation for gDNA or FFPE)
NGS_GAL_HCP_FR_16
GALEAS™ HereditaryPlus – 96 samples
(with enzymatic fragmentation for gDNA or FFPE)
NGS_GAL_HCP_FR_96_A/B/C/D*
  • A: Adapter標號 1~96
  • B: Adapter標號 97~192
  • C: Adapter標號 193~288
  • D: Adapter標號 289~384

* 為了提供大量樣本檢測的靈活性,我們在檢體試劑盒中附有四款Adapter

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