Cell3™ Target: Nexome

Cell3™ Target: Nexome

加強臨床疾病相關突變位點

單一NGS平台提供SNV、INDEL、CNV變異資訊

The table of contents

Nexome vs. 傳統檢測方式

Cell3™ Target: Nexome能有效簡化診斷流程,避免重複進行多項檢測,例如染色體微陣列(CMA)、多重連鎖探針擴增分析(MLPA)及螢光原位雜合(FISH)。

降低檢測成本

相比於傳統多步驟檢測,Nexome提供一個更具成本效益的解決方案。

縮短檢測週期

整合檢測流程,大幅提升結果產出速度,幫助臨床醫師更快速地作出決策。

更少量的樣本需求

只要單一NGS平台Nexome,所需樣本量較少,特別適合樣本有限的情況使用。

全方位覆蓋關鍵臨床區域,提供更高診斷效能

Cell3™ Target:Nexome在設計上注重覆蓋範圍,並對更廣泛的外顯子組提供高品質的數據覆蓋:

  • 包括人類基因組中與臨床相關編碼區部分非編碼區
  • 整合多個臨床數據庫(如:CCDS、ClinVar、GENCODE、RefSeq、ACMG73),並增強探針以便偵測基因和在外顯子區域的結構變異(如圖一)

FIGURE1-1
圖1、與其他WES產品與各種資料庫的覆蓋率比較

依臨床需求強化基因區域

  • 涵蓋市售試劑盒(例如:MLPA)在外顯子的變異區域。
  • 包含新生兒異常相關基因,適用於產前診斷。
  • 增強與早期嬰兒癲癇性腦病(EIEE)相關的診斷能力,包括特定的轉錄產物及額外的外顯子區域。
  • 涵蓋OMIM資料庫中與疾病相關的4090個基因,並包含RefSeq轉錄產物、啟動子區域、5′ UTR和3′ UTR區域。
  • 涵蓋非編碼區域中的疾病相關突變。
  • 支持藥物反應預測的藥物基因學(PGx)標記。

準確檢測SNV和INDEL變異

相較於其他WES產品,Cell3 Target: Nexome能檢測HG001人類基因組標準參考中的更多真實突變,並在SNV與INDEL的檢測上同時保持卓越的精確度及穩定的recall rate。(如圖2a, 2b, 3a, 3b)

SNV

Precision and recall of SNVs detected by Nexome and other commercially available exome panels
圖2a
Nexome與其他WES產品相比在檢測SNV上的精準度與召回率
Total number of truth variants (SNVs) detected by Nexome and other commercially available exome panels
圖2b
Nexome及其他WES產品相比檢測到的真實SNV變異總數

INDELS

Precision and recall of Indels detected by Nexome and other commercially available exome panels
圖3a
Nexome與其他WES產品在相比檢測INDEL上的精準度與召回率
Total number of truth variants (Indels) detected by Nexome and other commercially available exome panels
圖3b
Nexome及其他WES產品相比檢測到的真實INDEL變異總數

在提供更多資訊的同時,控制定序成本並避免額外檢測需求

  • Cell3™ Target: Nexome涵蓋超過51Mb的人類基因組範圍。
  • 相較於其他外顯子組產品,可檢測更多30%的突變,並廣泛支援CNV檢測。
  • 憑藉優化的探針設計和性能,相較其他外顯子組產品,即使使用相同或更少的定序量(6.63 Gb),也能達到平均100×的覆蓋深度(見表1)

表1

スクロールできます
Panel Size (Mb)Percentage target covered at 1xGb Required for mean 100x coveragePercent Bases on or near bait
Nexome51.9098.78%6.6394.18%
Exome CG51.6098.78%6.5794.07%
Company T36.7097.42%6.8585.89%
Company I45.2098.15%7.1686.18%
Company I.D34.1098.49%6.0493.09%
Nexome 和其他WES產品平均覆蓋100x倍所需的 Mb

CNV突變檢測

Cell3™ Target:Nexome在CNV檢測功能有優越的表現,涵蓋範圍從單一外顯子至多重連續基因(100bp至40Mb)的拷貝數變異。經過MLPA或CMA方法檢測過的已知CNV樣本驗證,成功回召了從50bp至42Mb的CNV突變,提供精確且穩定的CMA與MLPA替代方案。

  • 拷貝數變異(CNV):疾病相關變異的約有10%與CNV變異相關,並在約10-20%的神經發展障礙患者中發現。
  • 優異的檢測性能:設計上針對已確認具有基因及外顯子重組的區域,具備出色的CNV檢測性能。
  • 廣泛的檢測範圍:可檢測範圍涵蓋從少數外顯子至多個連續基因的變異,範圍約為100 bp到40 Mb。
  • 已知CNV事件確認:使用經MLPA或CMA測試過的已知CNV事件樣本進行評估,能夠自50 bp(單一外顯子)至42 Mb之間檢測到CNV變異。(表1a和1b)

表1a: 經MLPA確認的CNV變異

Affected GeneCNV regionCNV size (bp)CNV exonsCNV typeBayes factor
FBN1exons 29-657463237deletion320.0
BRCA1exons 1-237784124deletion190.0
FBN1exons 1-1714206318deletion300.0
BRCA1exons 1-175787618deletion200.0
BRCA1exons 8-13179566deletion40.4
BRCA1exons 8-13179566deletion82.4
BRCA2exons 5-75133deletion22.1
NSD1exons 7-960343deletion34.5
FBN1exons 60-6239343deletion32.8
NSD1exons 1-3580953deletion54.8
BRCA2exons 1-210542deletion28.3
BRCA1exons 7-83112deletion4.7
BRCA1exons 8-914442deletion7.5
BRCA1exon 162111deletion14.5
BRCA1exon 20841deletion9.4

表1b: 經CMA確認的跨基因CNV變異

CNV regionCNV size (Mb)CNV genesCNV typeBayes factor
13q14.2q32.142.0367deletion2410
4p16.3p15.222.9339deletion4620
20q11.22q13.1211.3244deletion7000
7p14.1p11.215.9182deletion5040
1p36.323.7140deletion2710
22q11.212.083deletion2890
8q23.1q24.1211.871deletion1330
22q11.212.264duplication1430
11p12p11.22.354deletion1240
7q11.231.438deletion2080
15q11.20.931deletion494
17p121.324deletion275
14q22.10.720deletion508
15q11.20.54duplication370
13q12.110.22deletion75

簡單且可自動化的流程

  • Cell3™ Target: Nexome試劑盒內含進行建庫所需的所有試劑。
  • 流程設計簡單易用,全程所需時間少於10小時,實際操作僅需2小時。
  • 僅需1 ng的DNA樣本量即可操作。
  • 流程設計多個暫停點,使實驗室內操作更加靈活。
  • 建庫可手動自動化處理,每次批次可處理多達96個樣本。
  • 提供最多384個樣本index,支持大量檢測實驗室的彈性批次處理,並適用於所有Illumina定序設備。

參考文獻

1.McKusick V. Online Mendelian Inheritance in Man, OMIM™. McKusick-Nathans Institute for Genetic Medicine, Johns Hopkins University (Baltimore, MD) and National Center for Biotechnology Information, National Library of Medicine (Bethesda, MD), 2000. Accessed October 10, 2023. https://omim. org. 2009. Full article

2.Smedley D, Schubach M, Jacobsen JO, Köhler S, Zemojtel T, Spielmann M, et al. A whole-genome analysis framework for effective identification of pathogenic regulatory variants in Mendelian disease. The American Journal of Human Genetics. 2016; 99(3):595-606. Full article

3. Landrum MJ, Lee JM, Benson M, Brown GR, Chao C, Chitipiralla S, et al. ClinVar: improving access to variant interpretations and supporting evidence. Nucleic Acids Research. 2018;46(D1):D1062-7.. Full article

產品資訊
Enrichment methodHybridisation and capture
Capture panel Size51.9 Mb
Sequencing platformIllumina
TargetsClinically relevant genes
Variant typesSNVs, indels and CNVs
Sample typegDNA from blood, saliva, amniotic fluid, tissue or FFPE, cfDNA
Input DNA requirements1-1000 ng
Expected percentage duplication~5-6%
Expected percentage on target (150 bp padding)~95%
Gb required for mean 100× coverage6.63
Multiplex capability384
訂購資訊

Cell3™ Target試劑組,提供兩種建庫試劑版本。

  • Fragmentation:適用於DNA樣本(Genomic、FF、FFPE)
  • Non-fragmentation:適用於cfDNA樣本
ProductCatalog No.
Cell3™ Target: Nexome, Frag 16 samplesNGS_C3T_NEX_FR_16
Cell3™ Target: Nexome, Frag 96 samplesNGS_C3T_NEX_FR_96_A/B/C/D*
Cell3™ Target: Nexome, Non Frag 16 samplesNGS_C3T_NEX_NF_16
Cell3™ Target: Nexome, Non Frag 96 samplesNGS_C3T_NEX_NF_96_A/B/C/D*
  • A: Adapter標號 1~96
  • B: Adapter標號 97~192
  • C: Adapter標號 193~288
  • D: Adapter標號 289~384

* 為了提供樣本多重檢測的靈活性,我們在檢體試劑盒中附有四款Adapter

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